本校は、昭和47年4月、脇本中学校と船越中学校の統合により、男鹿市男鹿東中学校が誕生した。
設立当初2年間は、校舎が未完成のため、男鹿東中学校脇本校舎と男鹿東中学校船越校舎に分かれたままの名目統合であった。
昭和49年8月、新校舎が完成し、移転してようやく実質統合となった。
平成20年4月には、払戸中学校が統合された。
平成25年3月には新体育館の改築及び校舎棟改修工事の竣工並びに創立40周年に当たり、様々な記念事業が実施された。